目前認為，丙肝病毒的直接致病作用可參與急性丙型肝炎的肝臟損害過程，而機體免疫功能紊亂則可能是造成肝臟損害特別是慢性損害的重要原因。

丙肝病毒的直接致病作用：丙型肝炎患者血清中HCVRNA含量和丙肝病毒抗原（HCAg）的出現(xiàn)與血清ALT水平呈正相關(guān)；丙肝病毒的復(fù)制常伴有肝損傷；

使用干擾素治療后，隨著HCVRNA含量的減少，其血清中ALT水平也逐漸降低。從急性丙型肝炎患者肝組織病理切片上觀察到廣泛的肝細胞嗜酸性變，但鄰近區(qū)域卻相對缺乏淋巴細胞，因而推測病毒本身具有殺細胞作用。

丙型肝炎的免疫發(fā)病機理：免疫因素尤其是細胞免疫異?？赡苁潜伟l(fā)病的重要作用。丙型肝炎特征性病理改變（肝臟匯管區(qū)淋巴樣細胞聚集或形成濾泡）也提示免疫發(fā)病機理參與丙肝病毒。