引起腹瀉的病因比較復雜，有細菌、病毒、寄生蟲等，某些化學藥品亦可導致腹瀉。大腸埃希桿菌腸炎應注意與下列疾病鑒別。

1、細菌性痢疾 由志賀菌屬引起，腹瀉以膿血或黏液狀便較常見，量少，并常有里急后重，多有寒熱。糞便鏡檢可發(fā)現(xiàn)大量膿細胞、紅細胞和吞噬細胞。嬰幼兒中毒型菌痢或非典型菌痢應以病原學診斷來鑒別。

2、霍亂弧菌 引起感染后，先發(fā)生劇烈的腹瀉而后嘔吐，很少惡心，嘔吐物及腹瀉大便呈米泔水樣，量多，無里急后重，少數(shù)患者有少量血便。脫水重者常引起肌肉痛性痙攣，皮膚皺癟，體表溫度低于正常，鏡檢可發(fā)現(xiàn)運動極活潑的弧菌，應進一步作細菌培養(yǎng)鑒別。

3、副溶血弧菌性食物中毒 由副溶血性弧菌引起，主要因進食被該細菌污染的食物（多與海產(chǎn)品有關），起病急驟，先以畏寒、陣發(fā)性腹痛（上腹部絞痛）開始，相繼嘔吐腹瀉，多呈水樣便或血水樣便，多為同餐者先后發(fā)病，應進行細菌培養(yǎng)鑒別。

4、沙門菌食物中毒 進食被鼠傷寒沙門菌污染食物引起。起病急，常伴有寒熱、腹痛、氣脹、惡心、嘔吐、腹瀉，呈水樣便并有惡臭，早期出現(xiàn)菌血癥，多有同餐者集體發(fā)病。依靠病原學、血清學診斷鑒別。

5、病毒性腹瀉 由腸道病毒感染引起的腹瀉，其特點是高度傳染性。輪狀病毒、小圓病毒等感染早期有嘔吐，相繼腹瀉，多呈水樣便并有黏液，多發(fā)生在秋冬季。其他病毒性腹瀉多見于夏秋季，有惡心嘔吐，除消化道癥狀外，常有呼吸道癥狀，咽炎，并發(fā)輕癱，常累及頸肌、背肌。周歲內(nèi)小兒多見有綠色水樣便或蛋花樣水便。抗生素治療一般無效，病程多在5～7天自愈。用血清學及病毒分離進一步鑒別。

6、空腸彎曲菌性腸炎 空腸彎曲菌引起輕癥與病毒性腸炎相似，重癥與潰瘍性結腸炎或克羅恩病相似。有發(fā)熱，腹瀉水樣或黏液樣便，有惡臭，呈膽汁色，重癥有膿血便，似菌痢多在1周恢復。兒童患者常有腹絞痛，高熱時可發(fā)生驚厥。發(fā)病多與接觸家禽、家畜或飲用未消毒牛奶、生水有關。暗視野鏡檢可發(fā)現(xiàn)射箭樣活潑動力的彎曲菌，細菌培養(yǎng)進一步診斷。

7、耶爾森菌腸炎 多見于兒童發(fā)病，與食物、水污染有關。腹痛、腹瀉、低熱、呈水樣便，可有敗血癥，可并發(fā)結節(jié)性紅斑、假性闌尾炎、關節(jié)炎。細菌培養(yǎng)可進一步鑒別。

8、其他 應注意與賈第鞭毛蟲、阿米巴痢疾引起的腹瀉鑒別，糞便鏡檢可發(fā)現(xiàn)阿米巴原蟲或賈第鞭毛蟲。