首先，皮膚病引起的甲病變。如銀屑病皮炎濕疹扁平苔蘚等也可引起甲板增厚變形有凹點(diǎn)或縱嵴等，這些疾病一般同時(shí)有相應(yīng)的皮膚病癥可協(xié)助診斷，避免與灰指甲病混淆。

其次，細(xì)菌感染。綠膿桿菌感染可綠甲而類似青霉菌等霉菌感染后的癥狀也會與灰指甲病混淆。

細(xì)菌性甲溝炎及其甲病變可與念珠菌引起者相似，但前者均有明顯的紅腫熱痛等急性炎癥，并可出現(xiàn)膿液，這是后者沒有灰指甲病的。

最后，全身性疾病營養(yǎng)性疾病遺傳性疾病或藥物可以引起種種甲的改變。而灰指甲病是由外因引起，真菌對甲板的感染是陸續(xù)傳染的，有時(shí)見到的多個(gè)甲發(fā)生癬癥，但卻先后出現(xiàn)灰指甲病的癥狀，并仍可能有一些指甲完全正常，這在內(nèi)因性甲病中是見不到的。