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Illumina 測序儀進行二代測序，主要包括樣本制備、文庫構(gòu)建、橋式擴增、測序反應(yīng)和數(shù)據(jù)分析等步驟。 1. 樣本制備：對提取的 DNA 或 RNA 進行質(zhì)量檢測和處理，去除雜質(zhì)和污染物。 2. 文庫構(gòu)建：將處理后的核酸片段化，并連接特定的接頭序列。 3. 橋式擴增：在芯片表面形成橋式結(jié)構(gòu)，進行 PCR 擴增，以增加信號強度。 4. 測序反應(yīng)：加入熒光標記的核苷酸，通過激光激發(fā)和檢測熒光信號獲取序列信息。 5. 數(shù)據(jù)分析：對獲取的大量數(shù)據(jù)進行處理和解讀，去除低質(zhì)量數(shù)據(jù)，與參考基因組比對等。 總之，Illumina 測序儀的二代測序是一個復(fù)雜但精確的過程，每個步驟都需要嚴格控制條件和質(zhì)量，以確保獲得準確可靠的測序結(jié)果。

（1）文庫制備，將DNA用霧化或超聲波隨機片段化成幾百堿基或更短的小片段。用聚合酶和外切核酸酶把DNA片段切成平末端，緊接著磷酸化并增加一個核苷酸黏性末端。然后將Illumina測序接頭與片段連接。　　（2）簇的創(chuàng)建，將模板分子加入芯片用于產(chǎn)生克隆簇和測序循環(huán)。芯片有8個縱向泳道的硅基片。每個泳道內(nèi)芯片表面有無數(shù)的被固定的單鏈接頭。上述步驟得到的帶接頭的DNA片段變性成單鏈后與測序通道上的接頭引物結(jié)合形成橋狀結(jié)構(gòu)，以供后續(xù)的預(yù)擴增使用。通過不斷循環(huán)獲得上百萬條成簇分布的雙鏈待測片段?！　。?）測序，分三步：DNA聚合酶結(jié)合熒光可逆終止子，熒光標記簇成像，在下一個循環(huán)開始前將結(jié)合的核苷酸剪切并分解。　?。?）數(shù)據(jù)分析。