大黃一般被認為毒性較低，臨床應用比較安全。但服用過量可引起中毒，尤其是后下大黃毒性較大，可起惡心、嘔吐、頭昏、腹絞痛、黃疸等。曾有報道，30名受試者每日服大黃3次，每次3g，共5日，所有受試者均產生一系列胃腸反應，主要表現為腹瀉、腹痛、嘔吐、惡心、腸鳴，其中3例因嚴重腹瀉、腹痛、嘔吐而被迫臥床休息，經對癥處理后緩解。

另外，服用大黃后，其色素會從小便或汗腺中排泄，故小便、汗液可以出現黃色。此外，哺乳婦女服用后，嬰兒吮食乳汁，可能引起腹瀉，因此授乳婦女不宜服用。由于本品又能活血行瘀，故婦女胎前產后及月經期間也必須慎用。