補充“益生菌”的思路是直接吃進活的細菌類似于空投一些“好細菌”來抑制“壞細菌”。而補充“益生元”的思路則是通過提供有益細菌喜歡的食物，來扶持它們從而壓制有害細菌。

益生元是這樣一種物質它是一種膳食補充劑通過選擇性的刺激一種或幾種細菌的生長與活性，而對寄主產生有益的影響從而改善寄主健康。

益生元在通過消化道時大部分不被人體消化而是被腸道菌群吸收。最重要的是它只是增殖對人體有益的菌群益生菌而不是增殖對人體有潛在致病性或腐敗活性的有害菌。