MRI突出的優(yōu)勢在中樞神經(jīng)系統(tǒng)、骨骼肌肉系統(tǒng)。

神經(jīng)系統(tǒng)的病變包括腫瘤、梗塞、出血、變性、先天畸形、感染等，MRI檢查敏感而準確，幾乎成為確診的手段。

脊髓與脊椎病變包括脊柱裂與脊髓栓系綜合征、脊髓空洞癥、頸椎病、脊髓脊柱損傷、椎管內(nèi)腫瘤等。MRI能直接顯示脊髓空洞、脊髓動靜脈畸形髓內(nèi)出血、硬膜下或硬膜外血腫、蛛網(wǎng)膜囊腫，明確腫瘤位于髓內(nèi)或髓外，增強MRI更能勾畫出腫瘤的具體范圍。

骨關節(jié)：MRI的優(yōu)勢在骨骼肌肉系統(tǒng)的表現(xiàn)最為明顯，任意方向成像能顯示肌肉、韌帶的全貌，在絕大多數(shù)骨關節(jié)病變和骨髓疾病的診斷方面， MRI有無可替代的作用。

肺與縱隔病變：多只用于縱隔腫瘤診斷、分期以及肺門、縱隔淋巴結腫大的判斷。

肝、膽、胰系統(tǒng)： MRI能清楚顯示腎、輸尿管、膀胱等組織結構。對炎癥、結石、腫瘤、畸形、梗阻、血管病變等可獲得清晰的圖像；MRI尿路水成像可明確梗阻的具體位置、程度并結合斷面圖像確定梗阻原因。